Anhänger der Ideologie Adolf Hitlers in der Kirche hatten sich 1931 zur Gruppierung der „Deutschen Christen“ zusammengeschlossen. Mit ihrer Hilfe versuchten die Nationalsozialisten, die Kirchen 1933 auf Linie zu bringen. Christen, die sich dem Rassenwahn verweigerten und nicht bereit waren, alles Jüdische aus der Bibel zu streichen, schlossen sich zur „Bekennenden Kirche“ zusammen. Nachdem die bekennende Gemeinde mit Pfarrer Mörchen aus der Marktkirche ausgeschlossen worden war und sich zunächst in einem Gasthof traf, bot die Brüdergemeine ihr 1934 an, ihr Gemeindeleben in den Räumen der Brüdergemeine zu gestalten.

Der Beschluss war im Ältestenrat und in der Gemeinde nicht unumstritten, aber Gerhard Reichel als brillanter Theologe mit einem tiefen Glauben gewann die Unterstützung der Mehrheit der Gemeinde. Sein Widerstand gegen die Einflussnahme der Nationalsozialisten wurde auch von Johannes Wagener, Vorsteher 1924 – 1946, geteilt. Wagener war einige Wochen in Koblenz inhaftiert; Reichel blieb trotz seines mutigen Auftretens die ganze Zeit unbehelligt.

12 Jahre war die bekennende Gemeinde der Marktkirche zu Gast bei der Brüdergemeine. Mancher Gottesdienst wurde gemeinsam gefeiert. Am 23.10.1944 musste die Gemeinde wegen Bombenalarm in dem alten Brauereikeller Zuflucht suchen. Es wurde spontan beschlossen, diesen generell für Gottesdienste zu entrümpeln und einzurichten. Bis zum Eintreffen der Amerikaner am 22. März 1945, was für Neuwied ein Ende der Kriegszeit bedeutete, wurden in der sogenannten „Krypta“ viele Gottesdienste gefeiert. Viele fanden dort Zuflucht in Gefahr. Die Gemeinde erlebte in den Kriegsjahren viele Bewahrungen, wenn auch die Häuser immer wieder von Granaten und Bomben getroffen wurden. Nach Kriegsende
organisierte die Gemeinde freiwillige Arbeitskommandos, um diese vielen Schäden zu reparieren.